Areal 200 ha disediakan bagi sarana kompleks pendidikan seperti gedung pembelajaran, gedung asrama siswa putra maupun putri, dan masjid.
Dilansir dalam laman Al Zaytun, disebutkan bahwa pondok pesantren tersebut dibangun oleh bangsa Indonesia yang bergabung dalam sebuah yayasan pada tanggal 1, Juni, 1993.
Kesepakatna pembangunannya bertepatan dengan 10 Dzu al-Hijjah 1413 H yakni didirikannya Yayasan Pesantren Indonesia (YPI).
Pembangunan Al-Zaytun dimulakan pada 13 Agustus 1996. Pembukaan awal pembelajaran dilaksanakan pada tanggal 1 Juli 1999.
BACA JUGA:Detik-detik Pratama Arhan Bikin Heboh Jepang, Reaksi Pemain dan Suporter Seperti Tak Percaya
Sedangkan peresmian secara umum dilakukan pada 27 Agustus oleh Presidan RI ketiga, Prof Dr Ing BJ Habibie.
Setelah itu, Al Zaytun berkembang dengan cepat. Bahkan menjadi pondok pesantren yang sangat mandiri. Sehingga bisa mencukupi kebutuhan pangan dan beragam hal lainnya.
Kini, Al Zaytun juga memasuki wahana baru yakni, Blue Economy atau sektor kelautan dan perikanan laut dengan mendirikan PT Pelabuhan Samudra Biru Mangun Kencana.
Kemajuan yang dibangun dalam 25 tahun tersebut, tentu menjadi pencapaian tersendiri bagi Syekh Panji Gumilang yang mendirikan dan merintis Al Zaytun sedari nol.